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特色と透明効果のトラブル

「特色について」にページにて説明していますとおりですが、CMYKカラーで印刷する場合には、データで特色を使わないことをオススメしております。透明処理との併用は特に危険です。
実際に特色と透明処理を併用してしまうと、保存にて以下のような警告ダイアログが表示しまう場合もありますのでご注意くださいませ。

この「予感しない結果」とはなぜなのか？なぜ使用してはいかないのか？と詳しく事例ととも説明できればと思います。

まずは、下記の図のようなIllustratorのデータファイルがあるとします。

CMYKカラーのオブジェクトに特色のオブジェクトがあり、それに関しては透明処理が設定されています。
しかしこのデータをEPS保存しながら出力処理を通して、システムの無理やりにCMYKに変換すると、以下のような出力の結果になってしまいます。

重なった部分の透明処理がなくなってしまっているのです。なぜ、このような現象が起こってしまいますのでしょうか？

オーバープリントの発生について

オブジェクトAが2つに分割されているのが分かります。元データと比較しても濃度が変化していて、透明度がなくなってしまいました。代わりにオーバープリントの属性がついているのが分かります。（オーバープリントについては詳しくはこちらをご参照ください。）
Illustratorのデータの上にはオーバープリントは設定されないということなので、このオーバープリントは保存の時にIllustratorのついたものということになるのです。

Illustratorがオーバープリントをついてしまう理由について

最初にお話しするとして、オフセット印刷の場合、版にインキをのせて、これに紙に移すということで印刷をするのです。当たり前のことですが、特色印刷の場合、特色の版に特色のインキを乗せていきます。それは、特色版の特別性が固定されてる必要があるのです。（特色が4色に分かれてしまう場合特色印刷ではなくなってしまうのが理由です。）

データ構造を見てみるとオブジェクトが分かれてしまっているのはPostScript（印刷システムのしくみのひとつ）が透明処理する機能を持っていないためです。

透明処理が利用できない形式に保存する場合に、Illustratorの透明のオブジェクトを見た際に同じ場合でも透明は使用できないという内容に作り変えていきます。
混ざっていない特色であれば【濃度100、透明度50】から【濃度50%、透明度なし】に変換するのはこのためでございます。

ここの問題で表示されてしまうのが、重なっている部分になります。透明処理によってCMYKカラーと特色が混じってしまい、微妙な色になっているわけになるのですが、EPS保存ということにより、透明処理が使えなくなってしまうというCMYKカラーで色を表現がなくなってしまい、特別性がなくなってしまいます。
ここでのIllustratorでの版を特別性を保存しながら透明表現を再現するには、オーバープリントを利用して、2つのオブジェクトを重ねてみます。この場合、本来のデータがない場合にオーバープリント設定が発生してしまうのです。

4色変換で発生する問題について

この状況から、オーバープリントを削除しないで、特色の特色版としてきちんと処理をする場合には、全然問題がありません。希望する通りの結果が得られるのではないかと思います。気になるのは、この場合から特色をCMYKに分かれてしまっている場合のことになります。

「オーバープリント」でのページでも説明しているのですが、オーバープリントとの他の版に関しては、インキを乗せる機能となります。
間違いされがちなのですが、透明処理とは違っての同じ版では、オーバープリントでは、版に足してオーバープリントでは、有効になっていないのです。オーバープリントが製版の指定があり、版崩れを防ぐためにも使用するという理由で考えていただければ、理解もしやすいのではないのかなと思います。

この場合での4色にわかれてしまった後の結果は特色だったオブジェクトのCMYKの色に変換されてしまうので、CMYKそれぞれのカラーのあたいが発生してしまいます。それで、同一版とオーバープリントの設定に関係ない状態で上にオブジェクトとカラーでの有効だったりするので、結果は、透明効果的な表現がなくなってしまっているというわけになるのです。

印刷の事故を数発的に発生されないためにも。

上記のことでIllustratorとEPSで保存の説明を行ってきましたが、このような現象の発生には、この例以外ではありません。
例にするとPDFの書き出しの際にPDF/x-aなどやver1.3で保存する場合に、これらのPDFの企画の透明処理が使用できなかったりするので、上記のような透明処理は分かれてしまいます。

そして、InDesignで、PDFの書き出しを行う場合にver1.4以上で行う場合でも、リンク画像にEPSファイルが使用されていれば、その場合のデータはその時点で分かれてしまっているわけなので、同じような結果が生まれてしまうのでございます。

Illustrator／InDesignのPDF作成の際には、透明処理を分けないで設定することをオススメします。そして、Illustratorで作成したデータをリンク画像として、使用するのが、保存形式では行けば、EPSではなくAIを推奨しているとのことです。

とっても、基本的な原因は「表示してはいけない特色を使用している」ということなのです。問題の原因となることになりますので、4色の印刷データはCMYKのプロセスカラーのみで作成されることをオススメいたします。
あくまでもこのデータの問題は一つの事例であってソフトの種類やverによって違いがありますので、ご注意くださいませ。